2つの異なるデータベースのテーブル間で結合しますか？

はい、アカウントに使用できる適切な権限があると仮定します：

SELECT <...>
FROM A.table1 t1 JOIN B.table2 t2 ON t2.column2 = t1.column1;

テーブル参照の前に、それが存在するデータベースの名前を付ける必要があります。