プリペアドステートメントでワイルドカードのように使用する

プリペアドステートメントのSQL文字列ではなく、値自体に設定する必要があります。

したがって、これはプレフィックス一致に対して行う必要があります：

notes = notes
    .replace("!", "!!")
    .replace("%", "!%")
    .replace("_", "!_")
    .replace("[", "![");
PreparedStatement pstmt = con.prepareStatement(
        "SELECT * FROM analysis WHERE notes LIKE ? ESCAPE '!'");
pstmt.setString(1, notes + "%");

またはサフィックス一致：

pstmt.setString(1, "%" + notes);

またはグローバルマッチ：

pstmt.setString(1, "%" + notes + "%");