mysqlドキュメントには、このエラー専用のページ全体があります： http ://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/gone-away.html
注目すべきは
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正しくない、または大きすぎるクエリをサーバーに送信した場合にも、これらのエラーが発生する可能性があります。 mysqldが大きすぎるか故障しているパケットを受信した場合、mysqldはクライアントに問題が発生したと見なし、接続を閉じます。大きなクエリが必要な場合（たとえば、大きなBLOB列を使用している場合）、サーバーのmax_allowed_packet変数（デフォルト値は1MB）を設定することで、クエリの制限を増やすことができます。また、クライアント側で最大パケットサイズを増やす必要がある場合もあります。パケットサイズの設定の詳細については、セクションB.5.2.10「パケットが大きすぎます」を参照してください。
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--log-warnings =2オプションを指定してmysqldを起動すると、失われた接続に関する詳細情報を取得できます。これにより、切断されたエラーの一部がhostname.errファイルに記録されます