SQL-1つのクエリで複数のレコードを更新します

マルチテーブル更新構文のいずれかを試してください

UPDATE config t1 JOIN config t2
    ON t1.config_name = 'name1' AND t2.config_name = 'name2'
   SET t1.config_value = 'value',
       t2.config_value = 'value2';

これがSQLFiddle です。 デモ

または条件付き更新

UPDATE config
   SET config_value = CASE config_name 
                      WHEN 'name1' THEN 'value' 
                      WHEN 'name2' THEN 'value2' 
                      ELSE config_value
                      END
 WHERE config_name IN('name1', 'name2');

これがSQLFiddle です。 デモ