インポート中にMySQLに特定の列の値を設定させることができます。 id
の場合 フィールドは自動インクリメントに設定されています。インポート時にnullに設定すると、MySQLがインクリメント値を割り当てます。 phpMyAdminの[SQL]タブに次のようなものを入れてみてください:
LOAD DATA INFILE 'path/to/file.csv' INTO TABLE your_table FIELDS TERMINATED BY ',' LINES TERMINATED BY '\n' SET id=null;