PHPの公式リポジトリには、
docker-php-ext-install
というスクリプトがあります。 https://github.com/docker-library/php/tree/master /5.6
PDOの実行に必要な拡張機能をインストールするのを忘れました。
次のようなDockerイメージを作成してみてください:
FROM php:5.6-apache
# PHP extensions
RUN docker-php-ext-install pdo pdo_mysql pdo_pgsql