PDOはmysql_*より少し遅いですが、優れた移植性があります。 PDOは、複数のデータベースにまたがる単一のインターフェースを提供します。つまり、mysqlの場合はmysql_query、MS sqlの場合はmssql_queryなどを使用せずに、複数のDBを使用できます。常に$ db-> query（ "INSERT INTO ..."）のようなものを使用してください。使用しているDBドライバーに関係なく。
したがって、大規模またはポータブルなプロジェクトでは、PDOが推奨されます。 zendフレームワークでさえPDOを使用します。