解決しました。接続を初期化するときにエンコーディングを追加するのを忘れました:
以前は:
con = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql:///dbname", "user", "pass");
今(動作中):
con = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql:///dbname?useUnicode=true&characterEncoding=utf-8", "user", "pass");