SETフィールドから値を削除する最良の方法は？

セットから削除する必要のある値が複数回存在できない場合は、次のように使用できます。

UPDATE yourtable
SET
  categories =
    TRIM(BOTH ',' FROM REPLACE(CONCAT(',', categories, ','), ',2,', ','))
WHERE
  FIND_IN_SET('2', categories)

こちら で動作することを確認してください 。値が複数回存在する可能性がある場合、これによりその値のすべての発生が削除されます：

UPDATE yourtable
SET
  categories =
    TRIM(BOTH ',' FROM
      REPLACE(
        REPLACE(CONCAT(',',REPLACE(col, ',', ',,'), ','),',2,', ''), ',,', ',')
    )
WHERE
  FIND_IN_SET('2', categories)