PHPで複数の同じ名前の列を持つMySQL行から結果をフェッチする方法は？

おそらく、クエリをより明確にしたいと思うでしょう。そうすれば、列にエイリアスを提供できます：

SELECT
  A.foo as a_foo,
  B.foo as b_foo
FROM A
LEFT JOIN B ON A.columnc = B.columnd