外部キー制約がある場合、テーブルBがその行を参照しているときに、テーブルAから行を削除するにはどうすればよいですか？それは私にはエラーのようです。
とにかく、アプリケーションのバックアップ開始時にオフセットをリセットすることで、自動インクリメント値の再利用を回避できます。テーブルAを参照するすべてのテーブルで最大値を照会してから、その最大値を超えるテーブルを変更します。最大値が989の場合は、次を使用します：
alter table TableA auto_increment=999;
また、MySQLエンジンが異なれば、自動インクリメントの動作も異なることに注意してください。このトリックはInnoDBで機能します。