mysqlにクエリを実行し、PHPでデータをCSVとしてエクスポートします

MySQLの各行をCSVファイルに書き込みたい場合は、組み込みのPHP5関数fputcsvを使用できます。

$result = mysqli_query($con, 'SELECT * FROM table');
$row = mysqli_fetch_array($result, MYSQLI_ASSOC);

$fp = fopen('file.csv', 'w');

foreach ($row as $val) {
    fputcsv($fp, $val);
}

fclose($fp);

file.csvに書き込まれる行ごとにコンマ区切りの文字列を返す必要があります ：

row1 val1, row1 val2
row2 val1, row2 val2 
etc..

また、書き込み先のディレクトリのアクセス許可も必ず確認してください。