％クエリのようなmysqlは、フルテキストインデックスでは低速です

LIKE フルテキストインデックスを使用しません。フルテキストインデックスを利用するには、（あなたが言ったように）matchを使用する必要があります：

SELECT * 
FROM myTable 
WHERE MATCH(field) AGAINST ('aaa*' IN BOOLEAN MODE)
ORDER BY field2

MySQLマニュアル 全文検索機能> 。