答えは非常に単純であることが判明しました。 Spring Bootには、application.propertiesファイルで設定できるDataSourceセパレータープロパティがあります。
spring.datasource.separator=^;
次に、schema.sqlファイルですべての;
ストアドプロシージャ内にないステートメントは、新しいセパレータで更新する必要があります。
DROP PROCEDURE IF EXISTS `database`.FOO;
CREATE PROCEDURE `database`.FOO()
BEGIN
SELECT * from `database`.employees;
END ^;