MySQL（またはSQL Server、Oracle、DB2など）はデータベースエンジンです。これらはデータの保存と処理のために構築された特定のアプリケーションであり、それを行うのに非常に優れています。また、メインプログラムがあるサーバーとは異なるサーバーで実行できるため、負荷を共有できます。
XMLファイルは、マシンまたは別のマシンに保存されている単なるテキストファイルです。それらは、読み取られ、解析され、書き込まれる必要があり、それを実行できるのはプログラムだけです。また、テキストの性質上、実際には非常に非効率的です。テキストファイルの読み取りと解析は非常に遅く、変更はさらに悪くなります。
XMLファイルは、構成設定を保存し、異なるシステム間でデータを渡すのに適していますが、データの保存と処理は、適切なDBMSに確実に存在する必要があります。
また、必須のJoelSpolskyリファレンス 。