私が見つけた解決策の1つは、結合を完全に削除し、結合条件を「where」関数に移動することです。また、新しいテーブルを含めるように更新文字列を変更する必要があります。
$this->db->set('a.firstname', 'Pekka');
$this->db->set('a.lastname', 'Kuronen');
$this->db->set('b.companyname', 'Suomi Oy');
$this->db->set('b.companyaddress', 'Mannerheimtie 123, Helsinki Suomi');
$this->db->where('a.id', 1);
$this->db->where('a.id = b.id');
$this->db->update('table as a, table2 as b');