アプリケーション接続プールがまだハンドルを持っている間にデータベースサーバーが接続を切断するため、問題が発生すると思います。アプリケーション接続プールでのタイムアウトをデータベースサーバー側よりも短くすることで、接続がデータベースサーバーによって強制終了される前に、アプリケーション接続プールによって更新され、問題が回避されます。 MySQLデータベースサーバーのタイムアウト待機時間は28800秒で、アプリケーション接続プールC3P0のタイムアウト待機時間は14400秒です。タイムアウト待機のチェーンをサーバーからクライアントまで短くする必要があることは理にかなっています。