Tomcatで実行しているので、データベースにアクセスする最良の方法は、アプリとサーバー間の通信を処理するWebサービスを作成することだと思います。
WebサービスはJavaで記述され、JSPを使用してTomCatで実行されます。
MySQLデータベースと直接通信しようとしている(つまり、データベースでSQLコマンドを直接実行しようとしている)と思いますが、これを実行できるとは思いません(ただし、試したり調べたりしたことはありません)。間に位置するためにサーバー上にいくつかのコードが必要であるという印象。