MySQLNOTINクエリが機能しない

taxon_name_element.parent_idにNULLはありますか ？

クエリ...

select taxon_id 
from taxon_name_element
where taxon_id not in (
    select parent_id
    from taxon_name_element
)

...と同等です...

select taxon_id 
from taxon_name_element
where
    taxon_id <> parent_id_1
    AND taxon_id <> parent_id_2
    ...
    AND taxon_id <> parent_id_N

...ここでparent_id_X 現在parent_idにある実際の値です 桁。それらの1つでもNULLの場合、対応するtaxon_id <> parent_id_X 式はNULLに「折りたたまれ」、WHERE式全体を一緒にドラッグします。

NULLを除外して、必要なものを取得します：

select taxon_id 
from taxon_name_element
where taxon_id not in (
    select parent_id
    from taxon_name_element
    where parent_id is not null
)