PHPでMySQLを使用してPDOを使用して準備された特定の種類のクエリが遅いのはなぜですか？

値が文字列ではなく整数であることをPDOに伝えていることを確認してください。 PDOがそれを文字列として配置する場合、MySQLは比較のために値を型キャストする必要があります。これがどのように行われるかによっては、MySQLにインデックスの使用を回避させることにより、大幅な速度低下を引き起こす可能性があります。

ここでの動作については完全にはわかりませんが、数年前にPostgresでこの問題が発生しました...