mysqlデータベースを照会するときのETIMEDOUTエラー

ノードは非同期であるため、connection.end() クエリがコールバックする前に発生する可能性があります。また、非標準の場合にMysqlが実行されているポートを指定します。

これを試してください：

var mysql      = require('mysql');
var connection = mysql.createConnection({
  host     : 'localhost',
  user     : 'root',
  password : 'root',
  database : 'test',
  port: 8889
});

connection.connect();

connection.query('SELECT * from users', function(err, rows, fields) {
    if(err) console.log(err);
    console.log('The solution is: ', rows);
    connection.end();
});