PHPの言語レベルに大きな違いはありません。
- MySQLによって配布されるlibmysqlclient、PHPによって配布されるmysqlnd。
- libmysqlclientはMySQLの一部であるため、MySQLライブラリをインストールする必要があります。
- ライセンスが異なります。
- mysqlndは多くのプラグイン（mysqlnd_ms＆mysqlnd_qc＆...）をサポートしています。
- mysqlndはPHPの一部であるため、そのメモリはPHP構成によって制限される可能性があります。
- mysqlndは5.4以降のデフォルトです
http://php.net/manual/en/mysqlinfo.library.choosing .php