メインテーブルの列の値に応じてテーブルを結合します

SELECT *
FROM notificationTable notification   
LEFT JOIN commentTable comment
ON (notification.typeID = comment.ID AND notification.type == 'comment')
LEFT JOIN evenTable event
ON (notification.typeID = event.ID AND notification.type == 'accept')
WHERE notification.userID = 2

ただし、多形関係を回避するためにシステムを再設計することを強くお勧めします...