cat *.sql | mysql ？特定の順序でそれらが必要ですか？
この方法で処理するには多すぎる場合は、次のようにしてみてください：
find . -name '*.sql' | awk '{ print "source",$0 }' | mysql --batch
これにより、スクリプト入力をパイプラインに渡す際の問題も回避できますが、Linuxでのパイプライン処理に問題はないはずです。このアプローチの良いところは、mysql ユーティリティは、stdinから読み取る代わりに、各ファイルを読み込みます 。