2つの行を組み合わせて、MySQLの2つのタイムスタンプ値間の時間差を計算するにはどうすればよいですか？

これはあなたの目標を達成するためのより簡単な方法かもしれないと私は信じています：

SELECT
    start_log.name,
    MAX(start_log.ts) AS start_time,
    end_log.ts AS end_time,
    TIMEDIFF(MAX(start_log.ts), end_log.ts)
FROM
    log AS start_log
INNER JOIN
    log AS end_log ON (
            start_log.name = end_log.name
        AND
            end_log.ts > start_log.ts)
WHERE start_log.eventtype = 'start'
AND end_log.eventtype = 'stop'
GROUP BY start_log.name

1つのサブクエリがなくなるため、かなり高速に実行されるはずです。