1つの列の値が異なる最新の3つのレコードを選択します

SQLステートメントの句の位置に反映されているように、グループ化は順序付けの前に行われるため、期待どおりの結果は返されません。残念ながら、必要な行を取得するには、より洗練されたものにする必要があります。これを試してください：

SELECT *
FROM `table`
WHERE `id` = (
    SELECT `id`
    FROM `table` as `alt`
    WHERE `alt`.`otheridentifier` = `table`.`otheridentifier`
    ORDER BY `time` DESC
    LIMIT 1
)
ORDER BY `time` DESC
LIMIT 3