PHPMySQLが接続タイムアウトを設定

connect_timeoutパラメーターは、接続時にのみ有効です。 DBサーバーが20秒程度で到達可能かどうかを確認すると便利です。接続すると、指定したタイムアウトは無効になります。

mysqlの公式マニュアルページにクエリタイムアウトパラメータが見つかりません： http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-system-variables.html ですから、これは可能ではないと思います。