より多くの行として保存する（つまり正規化する）ことの利点は、変更に直面した場合の設計と保守の考慮事項に依存すると思います。
また、140列の意味が同じである場合、または実験ごとに異なる場合（正規化ルールに従ってデータを適切にモデル化する場合）、つまり、データが候補キーにどのように関連しているか。
パフォーマンスに関しては、すべての列を使用してもほとんど違いはありません。ピボット/ピボット解除操作は、大量のデータに対してコストがかかる場合がありますが、単一のキーアクセスパターンではほとんど違いがありません。データベースのピボットにより、変更に直面してもフロントエンドコードがはるかに単純になり、バックエンドコードがより柔軟になる場合があります。
NULLがたくさんある場合は、正規化されたデザインの行を削除できる可能性があり、これによりスペースを節約できます。 MySQLがスパーステーブルの概念をサポートしているかどうかはわかりませんが、そこで機能する可能性があります。