致命的なエラー：mysqldをrootとして実行する方法については、マニュアルの「セキュリティ」セクションをお読みください。

OS X（Yosemite）を使用していますが、MavericksからYosemiteにアップグレードしたときにこのエラーが発生しました。このコマンドを使用して解決しました

sudo /usr/local/mysql/support-files/mysql.server start