クエリで「values」という単語を小文字にしてみてください。これは、MySQL-python1.2.3のバグ/リグレッションのようです。
MySQL-pythonのexecutemany（）の実装は、VALUES句を正規表現と照合し、データの各行の値のリストを複製するだけなので、最初のアプローチとまったく同じクエリを実行することになります。
残念ながら、正規表現はそのリリースで大文字と小文字を区別しないフラグを失いました（その後、トランク r622 ただし、1.2ブランチにバックポートされることはありません）。そのため、データを反復処理し、行ごとにクエリを実行するようになります。