MySQL Create Table as SELECT

http://www.mysqlperformanceblog.com/2006/07/12/insert-into-select-performance-with-innodb-tables/

レプリケーションを使用していない場合は、innodb_locks_unsafe_for_binlogを変更して、このロック動作を変更できます。

または、データをファイルにダンプしてから、ファイルからデータを再ロードすることもできます。これにより、ロックも回避されます。