multi=True MySqlコネクタの要件です。このフラグを設定してSQLAlchemyメソッドに渡すことはできません。これを行う:
conn = session.connection().connection
cursor = conn.cursor() # get mysql db-api cursor
cursor.execute(sql, multi=True)
詳細はこちら: https://www.mail-archive.com /example@sqldat.com/msg30129.html