MYSQLクエリの実行速度が非常に遅い

インデックスはあなたの友達です。

UPDATE User ... WHERE id = ... --IDのインデックス、おそらくPRIMARY KEYがどうしても必要です 。

同様にrenameSource 。

SELECT * 
FROM `User` `t` 
WHERE `t`.`firstName`='Franck' 
  AND `t`.`lastName`='ALLEGAERT ' 
  AND `t`.`dateOfBirth`='1971-07-29' 
  AND (userType NOT IN ("1")) 
LIMIT 1;

INDEX(firstName, lastName, dateOfBirth)が必要です;フィールドは任意の順序にすることができます（この場合）。

各クエリを見て必要なものを確認し、そのINDEXを追加します テーブルに。 インデックスの作成に関するクックブックを読む 。