SQLは、別のテーブルの別の列から1つの列を更新します

MySQLのドキュメントによると、クロステーブルの更新を行うには、（他のデータベースのように）結合を使用することはできませんが、代わりにwhere句を使用します。

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0 /en/update.html

このようなものが機能するはずだと思います：

UPDATE User_Settings, Contacts
    SET User_Settings.Contact_ID = Contacts.ID
    WHERE User_Settings.Account_ID = Contacts.Account_ID