重複を避けることはできません。リンゴ（またはリンゴへの参照）はツリーに2回配置されます。そうしないと、ツリーではなくグラフになります。あなたが...SwingJTreeまたはHTMLツリーを構築する場合、あなたの質問は同様に当てはまります;）。
入れ子集合モデルは、リレーショナルDB内のツリー構造をプッシュおよびトラバースするための効率的な方法であり、データ構造自体ではありません。 MySQLにはツリー構造を処理する機能がないため（たとえば、Oracleが提供するもののように）、MySQLユーザーの間でより人気があります。
乾杯！