16進/バイナリデータをmysqlにインポートします

LOAD DATA INFILEのSET部分を使用でき、0xエスケープのものは必要ありません：

1, 1, 123456FF
2, 1, aabbcc
3, 1, ddeeff

次に、列を変数に割り当ててから、列をその変数のHEXされていないバージョンに設定します。

LOAD DATA INFILE 'file' INTO TABLE `table` (column1, column2, @var1)
SET column3 = UNHEX(@var1)