プロジェクト内のデータベース構成ファイルを保護する方法は？

データベースのクレデンシャルを適切なUNIX権限が設定された別のファイル（たとえば644）に入れてから、このファイルをスクリプトの上に含めることができます。

configuration.php ファイルは次のようになります：

<?php
define (DB_USER, "mysql_user");
define (DB_PASSWORD, "mysql_password");
define (DB_DATABASE, "database_name");
define (DB_HOST, "localhost");
?>

元のスクリプトは次のようになります：

require ("configuration.php");
public class DatabaseConnect
{
function __construct()
{
    mysql_connect(DB_HOST,DB_USER,DB_PASSWORD) or die('Could not connect to MySQL server.');
    mysql_select_db(DB_DATABASE);
}

}