SELECTステートメントのサブクエリ（MySQL）

おそらくGROUP BYを活用したいと思うでしょう DISTINCTではなく句 そこに、つまり：

SELECT productId, Size,
SUM(CASE WHEN storeID IN ('BCN', 'BCN2') THEN stock ELSE 0 END) AS stockBCN,
SUM(CASE WHEN storeID = 'MAD' THEN stock ELSE 0 END) AS stockMAD
FROM stocks
GROUP BY productId, Size