これを試してみてください、それが役立つことを願っています。
DELETE FROM departure, departure_time
USING departure
INNER JOIN departure_time
WHERE departure_date = '2016-09-30'
AND departure_time.id = departure.id
または
DELETE FROM departure, departure_time
USING departure
INNER JOIN departure_time
WHERE departure_date = '2016-09-30'
AND departure_time.departure_id = departure.id
または、ON DELETE CASCADE
を使用することもできます それはあなたのために自動的に動作します。