マルチテナントPHPSaaS-クライアントごとに個別のDBを使用しますか、それともグループ化しますか？

オプション3が最もスケーラブルです。最初はもっと複雑に見えるかもしれませんが、完全に自動化することができ、将来の頭痛の種を減らすことができます。複数のサーバーにクライアントデータベースを配置してパフォーマンスを向上させることで、より効率的に拡張することもできます。