mysql_escape_string
の代替 PDOでは、プリペアドステートメントを使用しています。たとえばYiiの場合:
$user = Yii::app()->db->createCommand()
->select('username, password')
->from('tbl_user')
->where('id=:id', array(':id'=>$_GET['userId']))
->queryRow();
(Yiiリファレンスドキュメントから http://www.yiiframework.com/doc/api /1.1/CDbCommand )
プリペアドステートメントのプレースホルダーを介してパラメーターを渡すと、SQLインジェクションから保護されます。