PHP、MySQLなど全体で日付を管理するための最良の方法は何ですか？

どこでもUnixTimeを使用してください。 UTCを使用しているため、すべてのタイムゾーンで同じです。日付のメソッドは通常、それらが持っているタイムゾーン情報を使用してそれに変換され、そこから戻されるため、正しい時刻を取得できます。

あるいは、Unix Timeを使用して、あるコンピューターから別のコンピューターに時間を転送することもできます（DBからPHPを実行しているサーバー、またはJavaScriptクライアントなど）。すべての言語でそれに変換し、そこから変換する関数があります。 MySQLの場合：

UNIX_TIMESTAMP(date)
FROM_UNIXTIME(unix_timestamp)

そうすれば、DBとログで時間を適切にフォーマットしながら、どこでも正しい現地時間を設定できます。