まず、最新バージョンのmysqljdbcドライバーをダウンロードします。これが
C:\Program Files (x86)\BaseX\lib
サーバーまたはGUIを再起動します。 GUIの場合は、すべてを閉じる必要があります。binディレクトリの basexguiから開く方がよいでしょう。
sql:init("com.mysql.jdbc.Driver"),
let $con := sql:connect('jdbc:mysql://localhost:3306/DB_NAME', 'DB_USER', 'DB_PASSWORD')
return sql:execute($con, "select version()")
詳細なクエリについては、BaseXドキュメント