Doctrineを使用してテーブルを切り捨てるのは、次のように「簡単」です。
$connection = $entityManager->getConnection();
$platform = $connection->getDatabasePlatform();
$connection->executeUpdate($platform->getTruncateTableSQL('my_table', true /* whether to cascade */));
ただし、外部キー制約があると、MySQLはテーブルを切り捨てることができないことを知っておく必要があります。