PHPPDOの複数選択クエリが一貫して最後の行セットを削除する

do/whileループで物事を複雑にしすぎていると思います。

代わりに単純なwhileループを試してください：

$pdo = /* connection stuff here */
$sql = "select 1; select 2; select 3; select 4;";
$statement = $pdo->query($sql);

while($rowset = $statement->fetchAll()){
    //do stuff

    $statement->nextRowset();
}

行セットにfalse値がない間、これはループを継続します。false値は、期待どおりに機能するはずです。