カウントフェーズを支援するために、インデックスを追加することをお勧めします。
ALTER TABLE keywords ADD INDEX ckp_index (collection_id,keyword,pmid);
collection_idとkeywordのみの複合インデックスがすでにある場合でも、クエリオプティマイザにはテーブルからのpmidフィールドのルックアップが含まれます。
この新しいインデックスを追加すると、テーブルスキャンがすべて削除され、インデックススキャンのみが実行されます。
これにより、クエリのカウント（個別のpmid）部分が高速化されます。
試してみてください!!!