いくつかのオプションがあります。 1つは、レプリケーション を設定することです。 MySQL内では、サーバー間でデータが自動的に前後にコピーされ、データが飛び交うときに数秒の粒度でサーバーの同期が自動的に維持されます。欠点は、TCP接続を許可するために、少なくともマスターサーバーをネットに公開する必要があることです。
外部的には、サーバーAで通常のmysqldumpを実行し、サーバーBにコピーし、mysqlにロードして、実行することができます。これにより、ダンプ/コピー/ロードシーケンスを実行する時間間隔が細かくなります。欠点は、mysqldumpが動作中にテーブルをロックすることです。大規模なデータベースがある場合は、ダンプの進行中にserverAのテーブルからロックアウトされ、データのロード時にserverBからロックアウトされます。また、mysqlはロード中にあらゆる種類の内部ハウスキーピング（キーの更新、テーブルのメタデータの更新など）を実行するため、ダンプのロードは最初にダンプを実行するよりもはるかに遅くなります。
3番目のオプションでは、2つのデータベース間で行を比較し、必要に応じて更新を行うシンクロナイザーを作成できます。ただし、1つのサーバーのコンテンツを別のサーバーにスラップし、行ごとの操作を実行します。さらに、依存する外部キー/子関係の更新も処理する必要があり、これは急いで複雑になります。その時点で、代わりにmysqldumpオプションを使用したほうがよい場合があります。
もちろん、MySQLをより新しいものにアップグレードする必要があります。 v4.xは非常に古くなっています。少なくとも5.0、できれば5.1バージョンを実行する必要があります。