MySQL：Group By＆Count複数のフィールド

select project_id, service_id, count(*) as count 
from tbl group by project_id, service_id
order by count(*) desc

service_idを追加するだけです group by およびselect リスト。それでうまくいくはずです。

編集-

@Rajahからのコメントによる 期待される出力には、

order by project_id asc, service_id asc