MySQLは、すべてのデータベースに対して単一のバッファセットを維持します。パフォーマンスに関しては、テーブルが異なるデータベースにあるかどうかは関係ありません。
あなたのユースケースは境界線ですが、別々のデータベースからのデータを集約するための合理的なケースのようです。
ただし、このアーキテクチャには注意が必要です。アプリケーションが数個以上のテーブルを共有し始めた場合は、これらのアプリケーションが本当に別個のアプリケーションなのか、それとも同じアプリケーションのモジュールなのかを自問してください。後者の場合、すべてのテーブルを1つの単一データベースに含めることは私にとって理にかなっています。
セキュリティが心配な場合は、ほとんどのアクセス権がテーブルごと（または列ごと）ベース 。