あなたが提供したスタックトレースから、私は単一の結論を引き出すことができます：あなたは単に接続を使い果たしているだけです。
これは、実行時間の長いトランザクションが原因である可能性があります。クエリが遅いか、アプリケーションのトランザクション境界が不適切である可能性があります。
FlexyPool の使用を開始することをお勧めします 、Tomcat DBCPをサポートし、接続とトランザクションの使用法の両方をよりよく理解します。FlexyPoolは、多くのヒストグラム 接続取得時間やリース時間など、興味があるかもしれません。
安全のために、MySQLドライバーのバージョンも確認し、古いライブラリで実行されているかどうかを確認してください。